经济管理学院目前拥有4个硕士学位授予点，分别是农林经济管理和应用经济学两个一级学科硕士点、渔业经济与管理二级学科硕士点、农业管理专业学位硕士点。
1. 农林经济管理
本专业致力于培养具备系统的经济科学和管理科学的基础理论以及相关的农(渔)业科学基础知识，掌握现代经济管理分析方法，具备学术研究的基本能力，能胜任农林经济领域的研究和管理工作的高层次专门人才。学制三年。主要研究方向有：1）农业政策与管理；2）农业资源与环境；3）农产品供应链与食品安全；4）农业企业经营管理；5）农产品市场与流通。学位课程主要有：中级微观经济学、中级宏观经济学、中级计量经济学、农业经济学、农业市场与政策、食品经济学。
2.应用经济学
本专业致力于培养具有严谨求实的学术作风，具备全面、扎实的经济学基础理论和专业知识，掌握本专业领域的基础研究成果，具备学术研究的基本能力，可承担本学科的教学、科研工作和中高层次的经济管理工作的高级专门人才。学制三年。包括4个研究方向有：1）产业经济学；2）国际贸易学；3）区域经济学；4）金融学。学位课程主要有：中级微观经济学、中级宏观经济学、中级计量经济学、博弈论与信息经济学、现代产业经济学、国际贸易理论与政策、区域经济理论与政策、金融理论与政策。
3.渔业经济与管理
本专业致力于培养精通渔业经济与管理理论与方法，掌握现代经济管理分析方法，具有较强的理论研究能力和管理技能，能胜任渔业经济与管理领域的研究和管理工作的高层次专门人才。学制三年。主要研究方向有：1）渔业经济理论与政策；2）渔业资源与环境经济；3）水产品市场与贸易。学位课程主要有：中级微观经济学、中级宏观经济学、中级计量经济学、渔业环境与自然资源经济学、水产品市场与贸易、渔业文化与历史。
4.农业管理
本专业致力于培养具备农业管理方面的基本理论、基本知识和基本技能，能在涉农业企业、农业管理部门、政府及事业单位从事计划与规划、推广与发展、经营与管理、教学与科研等工作的应用型、复合型高层次人才。学制三年。主要研究方向有：1）农村区域经济发展与管理；2）农业产业发展与规划。学位课程主要有：农业推广理论与实践、农业政策学、农产品市场营销、农(渔)业企业管理、农产品贸易专题、农村社会学。
